อาการปวดศีรษะไมเกรนควรได้รับการวินิจฉัยแยกจากโรคปวดศีรษะที่มีสาเหตุร้ายแรง เช่น ภาวะสมองขาดเลือดหรือเลือดออก ออกไปก่อน แล้วจึงวางแผนการรักษา ซึ่งจะขึ้นอยู่กับความถี่และความรุนแรงของอาการปวด